Le moine Amarin arrive sur le territoire au VII° siècle et y fonde un couvent. Dès le VIII° siècle, la vallée appartient à l'abbaye de Murbach. Le nom de la ville de Saint-Amarin est cité pour la première fois en 1135. Au XIII° siècle, avec l'ouverture du col du Saint-Gothard, la vallée de Saint-Amarin s'ouvre au commerce international entre l'Italie et la Flandre.

               L'abbé de Murbach établit alors un péage gardé par le château de Friedburg, objet de convoitise de la part des comtes de Ferrette et des seigneurs de Saint-Amarin. Entre 1240 et 1260, la ville est fortifiée, mais son influence décline après le transfert du chapitre des chanoines, créé au XII° siècle, à Thann, en 1411.

              La guerre de Trente Ans décime la population. En 1790, Saint-Amarin est constitué en commune regroupant les villages de l'ancien bailliage, qui connaissent un début d'autonomie dès 1795. Au XIX° siècle, Saint6amarin s'industrialise avec l'ouverture de mines d'argent, de cuivre, de plomb, de cobalt et de zinc. Le 7 août 1914, les troupes française entrent dans la vallée, et la ville est décorée de la croix de guerre en 1918.

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