Le nom de Willer apparaît pour la première fois dans un document de 1191. Possession des princes-abbés de Murbach, le village fait alors partie de la mairie de la base vallée de la Thur. Anéanti en grande partie par les bandes anglaises en 1376, puis par le passage répété des troupes françaises, lorraines et suédoises à la fin de la guerre de Trente Ans, Willer ne compte plus que 11 adultes et 25 enfants au milieu du XVII° siècle.

                       A la fin du XVIII° siècle, l'exploitation de quatre galerie de mine produisent le minerai de fer, et l'implantation d'une forge, d'un marteau pilon et d'une petite fonderie permettent l'extraction de 800 000 livres de fer par an en 1785 et rapportent de substantiels bénéfices aux princes-abbés de Murbach. Vers 1795, les établissements sidérurgiques de Willer-Bitschwiller, vendus comme biens nationaux à H.Stebelin, sont les plus dynamiques du département. L'introduction de l'industrie textile en 1786, par les frères Koechlin de Mulhouse, accentue l'essor économique, qui se prolonge avec des hauts et des bas tout au long du XIX° siècle.

                        Lors du prolongement de la ligne de chemin de fer Mulhouse-Thann vers Wesserling, le premier pont métalilique est construit sur la Thur en 1863. Réintégré à la France le 7 août 1914 après quarante-quatre années d'occupation, Willer ne souffre pas lors de la Grande Guerre, le front s'étant stabilisé en aval à l'entrée de la vallée. Depuis la dernière guerre, la population du village ne cesse de s'accroître.

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